Existe alguma vantagem clara em permitir logons raiz no ssh
Existem alguns sistemas de backup que precisam de raiz no sistema remoto para realmente executar um backup. Não é incomum ver coisas configuradas com autenticação baseada em chave para executar tarefas de manutenção em sistemas remotos.
Eu desejo fortemente que o padrão seja alterado de PermitRootLogin yespara pelo menos PermitRootLogin without-password, isso permitiria apenas autenticação baseada em chave. A autenticação remota de senha na conta raiz quase nunca é necessária.
Está se tornando mais comum em sistemas (como o Ubuntu) para o sistema ser configurado com uma conta root com uma senha desabilitada. Não há muito risco na configuração padrão, pois não há como se autenticar diretamente em uma conta com uma senha desabilitada.
Considere também que uma tentativa bruta de efetuar login remotamente no root via ssh tem uma chance muito baixa de obter êxito se você tiver uma conta root com uma senha suficientemente complexa. Desabilitar a conta root fornece uma camada extra de segurança, mas pode não ser necessária se você tiver uma senha forte. Se você combinar uma senha forte com ferramentas reativas, como denyhosts e fail2ban, geralmente não haverá risco de que uma tentativa de força bruta a senha root funcione.
É sempre uma boa prática proteger o sistema após a instalação, com base no risco e nos requisitos da sua rede. Um sistema que não é crítico e não possui dados do usuário não precisa realmente do mesmo nível de proteção que o sistema que armazena registros médicos ou bancários.