Se a modelagem de tráfego não moldar o tráfego corretamente para envios shell e ativos (acho que pode, mas não tenho certeza), então você pode:
a) execute ssh em duas portas - você pode priorizar uma para transferência de arquivos e outra para trabalho interativo.
b) limitar as taxas ssh totais - o único problema é se você preencher a capacidade de upload do link e o ssh funcionará de maneira bem interativa se você limitar a taxa a algo como 50kbps (isso forçará os usuários a usar algum outro protocolo para transferências de arquivos maiores) )
c) priorize o tráfego no endereço de origem, se puder
Além disso, a modelagem de tráfego deve tornar o tráfego mais equilibrado, independentemente para que uma conexão única não monopolize todo o link.
EDIT: Aqui está um exemplo que usa um script bash. Ele menciona que o ssh realmente define o TOS de interativo para interativo, então eu presumo que o Wondershaper tira proveito disso.
Se você quiser outras opções além do Wondershaper, verifique o shorewall ou o pyshape .
Shorewall é um equilíbrio bastante maduro e agradável de flexibilidade, potência e simplicidade.