Eu acho que a resposta curta é usar um servidor FTP que suporte todos os três protocolos. Provavelmente, você deseja evitar a permissão do FTP, pois mencionou a segurança como uma preocupação principal, mas o SFTP (SSH2 File Transfer Protocol) e o FTP sobre TLS / SSL (FTPS) são considerados protocolos seguros de transferência de arquivos.
O SFTP é definitivamente o favorito hoje em dia, devido ao seu modelo de segurança robusto e configuração mais fácil do que o FTP e o FTPS tradicionais. O SFTP também é consideravelmente mais amigável ao firewall do que o FTP, porque requer apenas uma porta para estabelecer uma conexão e executar operações de arquivo.
O FTP e o FTPS requerem várias portas (uma porta para emitir comandos e uma porta separada para cada listagem de diretório ou transferência de arquivos) para realizar a mesma coisa que o SFTP pode fazer com uma porta. O requisito para configurar o encaminhamento para um grande número de portas pode ser um problema em muitos ambientes e pode dificultar muito a solução de problemas. No entanto, o FTP e o FTPS existem há muito mais tempo que o SFTP e ainda existem muitos dispositivos e clientes que oferecem suporte apenas ao FTPS.
Em termos de segurança, os protocolos SFTP e FTPS são considerados seguros. O requisito de abrir várias portas com o FTPS pode ser visto como uma preocupação de segurança, mas não há nada inerentemente mais seguro no protocolo SFTP do que no protocolo FTPS.
A única vantagem real que eu daria ao FTPS sobre o SFTP seria o desempenho. O SFTP executa um protocolo consideravelmente mais robusto e genérico que o FTPS e essa robustez confere um impacto significativo no desempenho. Há simplesmente muito mais sobrecarga envolvida no SFTP porque está sendo executado no protocolo SSH2 e porque o SFTP implementa seu próprio mecanismo de handshake. Se você deseja as velocidades de transferência mais altas possíveis, deseja usar o FTPS.
Para resumir tudo isso, tente oferecer suporte a todos os 3. Os servidores FTP mais modernos já têm suporte para FTP, FTPS e SFTP.