Estas são duas coisas diferentes, por isso não é uma situação ou.
Splunk é centralizar e analisar seus logs. Ele é capaz de gerar alertas para que eu possa ver como essa funcionalidade pode ser confundida com o Nagios. Mas o Nagios é uma solução de monitoramento e alerta de infraestrutura e serviços. Ele pode monitorar coisas que não necessariamente possuem registros como uso da CPU, número de processos e até mesmo a verificação de certificados SSL prestes a expirar. Os logs podem não informar que o apache parou de responder às solicitações http, onde o Nagios pode.
Portanto, na maioria das situações, você desejará ter algo que execute cada um desses trabalhos. Para correlação e análise de log, não existem muitas opções de código aberto, mas o Octopussy parece muito bom. Para monitoramento de infraestrutura, alertas e escalações, existem várias soluções disponíveis. Comercial e gratuito / de código aberto.