O Rsync possui vários sinalizadores que controlam o que será visualizado e o que será copiado para o destino. Na maioria das vezes é usado o sinalizador "-a", que é o sinalizador "Arquivar", provavelmente é o que você deseja. execute o rsync com os sinalizadores "-av" e faça com que ele execute primeiro os dados que você deseja fazer backup. Na próxima vez em que for executado, ele fará uma soma de verificação de bloco do arquivo e copiará apenas as partes que foram modificadas nos arquivos existentes, copiará novos arquivos e removerá os arquivos que não estão mais lá. Verifique a seção de opções "-a" em:
http://linux.die.net/man/1/rsync
A primeira execução consumirá largura de banda, as execuções a seguir provavelmente consumirão processador, mas usarão pouca largura de banda em comparação com a execução inicial. A menos que você tenha muita rotatividade sobre seu conjunto de dados.
O Rsync não se importa com a forma como você obteve os arquivos na origem ou nos diretórios de destino, apenas copia as alterações entre os dois, a menos que você adicione sinalizadores para fazer algo diferente.
Se você deseja registrar o que foi alterado, pode usar a opção "--log-file". Em suma, algo assim soa como o que você deseja:
rsync -av --log-file=/var/log/rsync.log -e "ssh -l backup-user" backup-user@source-machine::module /nas01/backups