Uma CA interna é válida apenas dentro de servidores que você possui e um certificado externo é bom em qualquer lugar. Essa é a resposta básica, mas há muito mais a considerar.
Prós
O custo por certificado é mais barato, quanto mais você gerar
Revogação - é muito fácil revogar um certificado que você gerou e você pode conceder curtos prazos de validade aos seus certificados
O acesso a certificados gratuitos geralmente significa maior uso - geralmente as pessoas começam a assinar seus e-mails e os administradores pensam em usar o isolamento de domínio e servidor em ambientes mistos
Contras
Requisitos de segurança adicionais - Esta máquina é possivelmente mais importante para proteger do que um controlador de domínio. Este sistema precisa ser completamente endurecido. Se você estiver usando esses certificados para algo significativo, precisará considerar as implicações se esses certificados forem comprometidos
Backup / alta disponibilidade - nada indica um fim de semana ruim, como o RH diz que sua autoridade de certificação agora morta deu a eles um certificado que eles usavam para criptografar os arquivos da folha de pagamento e agora não podem descriptografar os arquivos porque o certificado não pode ser validado. Verifique se o backup é feito com frequência e está altamente disponível
Responsabilidade - dependendo do que você deseja usar para alguns executivos de nível C, pode decidir que todo o dinheiro gasto com certificados da VeriSign é um desperdício, porque eles estão usando os certificados com precisão. Se seus certificados ficarem comprometidos e for um certificado VeriSign (e eu estou simplesmente usando a VeriSign como espaço reservado para qualquer autoridade de certificação de terceiros), é fácil mostrar que a culpa não é sua. Se você possui a CA ... bem, é possível que sua próxima experiência em TI esteja executando a caixa registradora computadorizada no restaurante de fast food de sua escolha.
Incapacidade de usar o certificado externo - não é impossível disponibilizar sua CA publicamente, ninguém confiará em um certificado da sua empresa. Embora isso não seja um grande problema, é um pouco mais caro manter duas tarefas de manutenção de certificados separadas (prazos de validade etc.). Você também pode considerar comprar um certificado raiz confiável
Ah, e se você precisar de certificados de EV - você está atualizando para o Windows 2008
Embora possa parecer que há mais desvantagens, muitas delas são apenas coisas que você deve estar ciente, em vez de um verdadeiro indicador negativo.