A solução padrão é usar uma VPN entre dois roteadores e você ajusta o roteamento para que todo o tráfego LAN para LAN atravesse a VPN.
Domínios / grupos de trabalho não estão realmente relacionados. Uma informação mais relevante seria que tipo de roteadores os dois sites têm e se podem criar L2TP , PPTP ou algum outro túnel criptografado ou se estão executando um sistema operacional padrão como o Linux, onde é possível instalar o software. Existem muitos roteadores que já suportam conexões VPN. Até alguns roteadores domésticos podem fazer isso se você instalar um firmware personalizado. Você pode criar uma VPN entre seus servidores, embora seja um pouco complicado obter o roteamento correto.
Eu realmente gosto do OpenVPN como uma solução se eu tiver um sistema que o suporte. Existem muitas outras boas soluções de VPN.
A solução óbvia parece ser a VPN, mas a VPN pode ser implementada apenas nos roteadores? Os computadores na rede podem estar livres de configuração?
Isso depende completamente do tipo de roteador que você possui. Se o seu roteador for um computador executando Linux, então sim. Se o seu roteador for um roteador de banda larga barato, talvez o seu hardware atual possa fazer isso. Se o seu hardware atual não puder fazer isso, você certamente poderá comprar roteadores que o farão.
Os clientes realmente não precisam saber nada sobre a VPN.