Vou fazer uma suposição precipitada e supor que você está perguntando sobre como se preparar para uma auditoria de segurança interna com foco na tecnologia, talvez até um teste de penetração.
Como você se prepara para uma auditoria de segurança no lado da tecnologia vai depender do objetivo da auditoria. Se o objetivo é definir a especificação de como você melhora sua infraestrutura, você pode não fazer nada. Se o objetivo é garantir que não haja falhas, recomendo realizar uma análise de lacunas antes da auditoria e corrigir as lacunas descobertas.
Para práticas recomendadas fundamentais de TI, recomendo fazer referência ao PCI DSS . Obviamente, inclui coisas óbvias que você já deveria estar fazendo, como corrigir seu software para vulnerabilidades de segurança.
Para replicar uma auditoria de segurança, eu começaria revisando a metodologia de teste de penetração detalhada no Manual de metodologia de teste de segurança de código aberto . (OSSTMM)
Se você estiver procurando mais detalhes, recomendamos que você reescreva sua pergunta para ser menos ambígua.