Ignore as perguntas de licenciamento aqui.
Existe algum motivo técnico para não "usar" apenas o Hyper-V Server (a versão gratuita) para executar um cluster do Hyper-V? De uma comparação pura de recursos, parece que o Hyper-V-Server é tão capaz quanto os outros servidores (enquanto a versão pré-r2 tinha recursos ausentes) para uma função pura de hyper-v.
Respostas:
Do ponto de vista da capacidade, o Hyper-V Server R2 é essencialmente o mesmo que a função Hyper-V em uma instalação do Windows Server 2008 R2.
Do ponto de vista de "limitações técnicas", o uso do servidor Hyper-V é realmente melhor do que o Windows Server 2008 R2 Standard. O Hyper-V Server R2 suporta até 1 TB de memória e 8 CPUs (múltiplos núcleos). O Windows Server 2008 Standard suporta até 32 GB de memória e 4 CPUs (múltiplos núcleos).
Se você comparar memória / CPUs ao Windows Server 2008 Enterprise ou Datacenter, o Hyper-V começará a ficar um pouco aquém. A empresa suporta 2 TB de memória e 8 CPUs, o Datacenter suporta 2 TB e 64 CPUs.
Sei que você disse que ignorou o licenciamento - mas o outro grande fator são as licenças de convidado gratuitas incluídas no Windows 2008 Server. O servidor Hyper-V não inclui nenhum. O padrão inclui 1 licença de sistema operacional convidado gratuita, o Enterprise inclui 4 e o Datacenter permite ilimitado. Você precisa fazer a comparação entre a compra de licenças de SO convidado ou o SO host "atualizado" e o uso das licenças incluídas.
Como Sam Cogan mencionou, será uma instalação principal. Certifique-se de que todos os drivers, utilitários da placa de rede, soluções de backup etc. funcionem bem no Core antes de prosseguir.
Lembre-se também de que o gerenciamento do Hyper-V Server fora de um domínio (também conhecido como grupo de trabalho) requer muita configuração extra (acredito que isso seja o mesmo para o Server 2008 Core, mas tenha apenas experiência com o HV Core).
Se tudo o que você deseja fazer é executar o Hyper-V, não acredito que exista qualquer razão para não usar o Hyper-V Server. Lembre-se de que é uma instalação principal, portanto, nenhuma GUI é apenas uma linha de cmd. Obviamente, a maior parte do trabalho que você realiza será do mmc Hyper-V, portanto, isso não é muito problemático.
motivo técnico para não "usar" apenas o Hyper-V Server (a versão gratuita) para executar um cluster Hyper-V? De uma comparação pura de recursos, parece que o Hyper-V-Server é tão capaz quanto os outros servidores (enquanto a versão pré-r2 tinha recursos ausentes) para uma função pura de hyper-v.