A Microsoft possui diversos artigos sobre a movimentação de funções e serviços de um servidor para outro. Com os controladores de domínio, você precisa ser particularmente cuidadoso para que as coisas aconteçam normalmente e você é bem orientado a postar a pergunta aqui, porque não é um desligamento simples ou exclui o servidor dos Usuários e Usuários do AD e computadores.
Se você for construir um novo servidor - nesse momento, precisarei de um motivo convincente para não basear o 2K8 R2. Certifique-se de que seus aplicativos de suporte também suportem o 2K8 R2 - antivírus, backup etc. Se o custo do SO e do Cals não for um problema, acho que eu não veria o motivo para sustentar um sistema de longo prazo baseado em 7 OS anos de idade? Eu acho que as solicitações para o 2K8 R2 existir em um domínio 2K3 devem estar no modo nativo 2K3 e os DCs 2K3 podem precisar ser SP2 ou posterior.
Primeiro crie seu novo servidor, adicione-o ao domínio e dcpromo-lo - não há razão para esperar por isso. Verifique se o novo servidor ou o servidor antigo restante está definido como Global Catalog Servers: http://support.microsoft.com/kb/313994
Sua principal área de preocupação precisa ser garantir que as funções da FSMO sejam entregues adequadamente a outro CD. Este artigo informará exatamente o que e como de todas as etapas que você precisará executar: http://support.microsoft.com/kb/324801 .
A replicação dos GPOs é manipulada automaticamente pelo FRS na árvore do Sysvol - portanto, você não deve ter preocupações.
Você provavelmente também precisará lidar com os serviços DHCP e DNS. Aqui está um bom artigo sobre como mover seu banco de dados DHCP, se necessário: http://support.microsoft.com/kb/962355 . Certifique-se de desativar o serviço DHCP depois de mover o banco de dados dhcp para um novo servidor e inicie-o lá. É importante mover o banco de dados dhcp em vez de simplesmente parar o serviço no servidor antigo e iniciá-lo em outro - você terá sistemas clientes em todo o lugar com endereços IP duplicados.
Eu sempre prefiro desativar as funções FSMO e DHCP e esperar vários dias antes de remover o sistema como um controlador de domínio.
Quando suas funções FSMO e DHCP forem movidos (e qualquer outro software), execute o dcpromo na linha de comando para removê-lo como um controlador de domínio. Em seguida, use Adicionar ou remover programas -> Componentes do Windows para desinstalar o serviço DNS. Por fim - remova o sistema do domínio e desligue-o.
Boa sorte!