Tento não comentar nas discussões da "guerra santa", mas tentarei ser completamente neutro aqui.
Como administrador de sistemas, sou pragmatista. Eu uso o que funciona melhor para o que faço. Na minha infraestrutura, tenho entre 75 e 100 máquinas Linux e dois servidores Windows. Eles são os controladores de domínio do meu domínio do diretório ativo, que eu uso para autenticar o restante das minhas máquinas Linux.
Existem servidores de diretório disponíveis para Linux que fariam o que as máquinas Windows fazem por mim, mas custa à empresa menos para comprar licenças e usar o Active Directory do que aprender para instalar, configurar e administrar esses serviços. Provavelmente, há software Windows para executar os outros 98% do que faço no Linux também.
É mais barato para a empresa usar o que funciona e o que sabemos, em vez do que pode funcionar e do que não sabemos.