Em um conector RJ-45, existem 8 pinos. Originalmente, apenas 4 foram utilizados. Tx (transmitir) e sua terra, e Rx (receber) e sua terra. Se você usasse um cabo direto, os pinos de transmissão seriam conectados aos pinos de transmissão no outro dispositivo. O mesmo seria verdadeiro para os pinos de recebimento.
Os equipamentos de rede iniciais não eram "inteligentes" o suficiente para saber que os dados estavam chegando nos pinos que deveriam ser para transmissão de dados, por isso não os ouviram. Os equipamentos GigE modernos são inteligentes o suficiente, então isso não é mais um problema. Isso nunca foi uma decisão de design, mas uma resposta a uma decisão de design feita anteriormente.
Editar: para responder à sua pergunta deixada no comentário -
Para simplificar o processo de fiação (as duas extremidades podem ser as mesmas), os equipamentos de rede foram projetados com portas que estavam recebendo nos pinos que os PCs estavam transmitindo e vice-versa. Isso fez com que a maior parte dos cabos criados pudesse ter as duas extremidades conectadas da mesma maneira. Como o uso de um cabo crossover é raro, ainda mais com o advento das portas "uplink" e do crossover automático em switches modernos, essa é a tecnologia menos utilizada.
Realmente não importa qual esquema de fiação é usado, o problema permaneceria se o cabo e o pino "padrão" fossem da variedade de crossover. Então, o que chamamos de cabo direto teria que ser usado para conectar dispositivos diretamente um ao outro.