Para ter uma idéia de como obter um certificado raiz confiável, dê uma olhada no processo contínuo do CAcert . Tem sido um processo plurianual bastante complexo (e eles ainda não foram concluídos), mas sendo uma organização aberta, todos os detalhes do processo estão em seu site.
Uma opção mais provável é obter uma autoridade de certificação subordinada sob uma das principais raízes. Não me lembro qual de imediato, mas pelo menos um deles teve a opção de hospedar a CA subordinada (o IIRC wisc.edu faz isso com a Equifax / Geotrust). Eu acho que o custo contínuo estava nos baixos 5 dígitos por ano mais alguns dólares por certificado (custos de inicialização não incluídos). Não tenho links à mão, mas várias escolas seguiram esse caminho e os detalhes técnicos foram publicados em seus sites ou em apresentações realizadas em conferências. Trabalhando a partir da memória e do meu cache de certificados, wisc.edu, lsu.edu e tmc.edu parecem bons lugares para começar.