http://docs.aws.amazon.com/AWSEC2/latest/UserGuide/ec2-key-pairs.html
Nota
O Amazon EC2 não mantém uma cópia da sua chave privada; portanto, se você perder uma chave privada, não há como recuperá-la. Se você perder a chave privada de uma instância com suporte de armazenamento da instância, não poderá acessar a instância; você deve encerrar a instância e iniciar outra instância usando um novo par de chaves. Se você perder a chave privada de uma instância do Linux suportada pelo EBS, poderá recuperar o acesso à sua instância. Para obter mais informações, consulte Conectando-se à sua instância do Linux se você perder sua chave privada.
E aqui estão as etapas para recuperação (gerando um novo par de chaves):
https://forums.aws.amazon.com/thread.jspa?threadID=102074