O IIS oferece suporte à implantação do xcopy, portanto, basta copiar os arquivos, a menos que você tenha requisitos especiais.
Uma maneira de fazer isso é um script simples que usa o ROBOCOPY para copiar os novos arquivos no servidor.
Se o site for grande e isso demorar muito, use um sistema de controle de versão. Eu gosto do Mercurial para esse fim, apesar de você ter cuidado para que os arquivos de configuração do sistema de controle de versão não sejam veiculados ao público. A implantação é simplesmente uma questão de confirmar as alterações e verificar a versão mais recente no servidor. Além de ser eficiente, isso permite reversões rápidas (se você marcou a última versão válida), caso o seu mais recente e o melhor possuam um bug de parada de show.
Para minimizar o tempo de inatividade, o script pode copiar os arquivos para um novo diretório e renomear rapidamente os diretórios ou alterar para onde o IIS aponta para o novo diretório.