Você não especificou a versão do Subversion que seu servidor está executando. Mas, com base na mensagem que você forneceu na pergunta, provavelmente é uma versão 1.4.x ou anterior. Não me lembro se havia um comando de atualização fornecido ou não para a conversão de 1.4.x para 1.5.x, mas a maneira certa de obter o repositório da versão 2 para a versão é um dump and load. Mas isso não importa muito, você precisará instalar o 1.6.x de qualquer maneira para acompanhar as novidades. Então, aqui estão as etapas que você precisa executar:
- Atualize para o Subversion 1.6.x se ainda não o tiver
- Despejar seu repositório existente usando o svnadmin dump
- Crie um novo repositório, chame-o _new
- Carregue seu novo repositório com o despejo do antigo usando svnadmin load
- Copie o arquivo uuid do repositório antigo para o novo repositório
- renomeie o repositório antigo para _old
- renomeie o novo repositório para
Veja também as Perguntas frequentes do Subversion http://subversion.apache.org/faq.html#dumpload para um exemplo concreto.
Isso deve ajudá-lo a cuidar e o arquivo uuid evitará que seus clientes surtem. Faça uma atualização svn para ter certeza.