Eu acho que a maioria das redes grandes usa um pequeno pool de servidores NTP internos dedicados. o tráfego ntp é bastante leve, portanto você provavelmente não precisa de muitos servidores para atender a uma grande organização.
Como em todos os serviços de rede, a vantagem de executar seus próprios servidores ntp é que você obtém mais controle e toma mais decisões. Por exemplo, se você perder a conectividade de rede com o mundo externo, suas máquinas poderão continuar a conversar com o servidor NTP interno e você não precisará se preocupar com o fato de todos terem que se reconectar a servidores externos.
Se você possui milhares de servidores, considere também executar seu próprio servidor de horário dedicado, por exemplo, em um dispositivo GPS ou através de um relógio atômico dedicado . Não sei ao certo quanto custa isso hoje em dia, mas não pode ser caro em relação aos milhares de sistemas que você já está suportando. Então você tem um serviço de tempo preciso, completamente independente da sua conexão com o mundo externo.
Outro ponto a considerar é que a execução de seus próprios servidores ntp é mais educada. Dessa forma, você tem apenas algumas máquinas fazendo solicitações externas e não milhares. Tenho certeza que os administradores dos servidores NTP publicamente acessíveis por aí apreciariam isso. Além disso, reduzirá um pouco o tráfego da rede externa (muito pouco), o que provavelmente é uma coisa boa.
Além disso, se você executar seus próprios servidores ntp, poderá reforçar um pouco o firewall, pois apenas algumas máquinas estão se conectando à parte externa na porta 123 em vez de muitas máquinas. Isso pode ser útil.
O ntp é fácil de configurar e, uma vez executado, requer muito pouca manutenção. Todas as empresas com as quais já estive envolvido criaram seus próprios servidores ntp e isso funcionou muito bem.