O comando scp -r source user@target:destpercorrerá todos os subdiretórios da fonte e os copiará.
No entanto, scpcomporta-se como cpe sempre copia arquivos, mesmo que seja o mesmo na origem e no destino. [Veja aqui para uma solução alternativa.]
Como este é um site estático, é provável que você esteja apenas fazendo atualizações, não recriando tudo, então provavelmente encontrará as coisas avançando mais rapidamente se você usar rsynco ssh em vez de scp. Provavelmente algo como
rsync -av -e ssh source user@target:dest
...para começar. Se você estiver fazendo isso em uma LAN, eu pessoalmente usaria as opções -avWpara rsync.
O Rsync também permite duplicar exclusões na sua fonte; portanto, se você remover um arquivo da sua árvore, poderá executar rsynccomo acima e incluir o sinalizador --delete, que removerá o mesmo arquivo do lado do destino.
tarviassh: unix.stackexchange.com/a/10028/79839