Anteriormente, em todos os bancos de dados criados, eu uso:
mysql -u root -p
CREATE DATABASE dbname CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_bin;
GRANT ALL ON dbname.* TO 'dbuser'@'localhost';
e depois use o banco de dados sem pensar no MyISAM ou no InnoDB
Como saber o mecanismo de armazenamento usado de um banco de dados?
SHOW TABLE
para cada tabela no banco de dados)?