Dependendo do método de virtualização que você pretende usar, pode não ser necessário ativar as funcionalidades de virtualização de hardware em CPUs compatíveis com Intel-VT e AMD-V. Quando você precisa usar esses recursos é quando o método de virtualização não pode funcionar ao instalar sistemas operacionais não modificados, geralmente o Microsoft Windows.
Ao trabalhar com o VMware, os recursos de virtualização de hardware adicionados pelos chipsets Intel-VT e AMD-V geralmente são desnecessários, pois o VMware fornece todos os recursos necessários e pode levar a um desempenho degradado do próprio servidor virtual.
Com a virtualização Xen, você precisará usar esses recursos se pretender executar o Windows nos domínios de convidado não privilegiados (domU) e instalar usando a virtualização completa em vez da para-virtualização. Na minha experiência, ter que habilitar esses recursos pode mostrar uma degradação significativa no desempenho geral, mesmo assim, mas isso permitirá que você instale o Windows. Outros sistemas operacionais, como Linux, * BSD e OpenSolaris, não tive problemas ao instalar sem a virtualização de hardware e vejo melhorias muito melhores quando os recursos de virtualização de hardware estão desativados.
No final, tudo se resume a qual caminho de virtualização você planeja seguir e quais sistemas operacionais que você vê sendo instalados podem ser o fator determinante para deixá-lo desativado ou seguir em frente.