A única maneira adequada de desativar o cache do navegador é pelos cabeçalhos HTTP do próprio aplicativo da web. Somente o cabeçalho HTTP 1.1 "Cache-Control" deve ser suficiente para qualquer navegador posterior ao ano 2000. Mas, para proteção extra, o servidor pode emitir os cabeçalhos HTTP 1.1 "Cache-Control" e HTTP 1.0 "Expira" juntos .
Uma maneira hackeada, mas às vezes vista, de lidar com a invalidação de cache é uma string "cachebuster" nos URLs do servidor. O cachebuster geralmente é baseado em carimbo de data e hora e é adicionado como uma string de consulta a cada LINK HTML para tornar o URL exclusivo e usado apenas uma vez. Algo como http://example.org/filename.html?cb=<timestamp+random_value>. Isso é feio e não faz nada que os cabeçalhos HTTP não fazem muito melhor. Mas poderia ser usado como um hack para um público limitado (FX em uma Intranet) ou como uma camada adicional de proteção junto com os cabeçalhos HTTP adequados.
AFAIK, não há como desativar seletivamente o cache de um único site apenas no Internet Explorer. Uma solução (complicada) poderia ser instalar o cache do Varnish como um cache intermediário na sua LAN, configurar o Internet Explorer para usar o Varnish como proxy HTTP e usar a linguagem VCL no Varnish para reescrever os cabeçalhos HTTP apenas para este site específico.
Honestamente, acho que seu fornecedor está cometendo um erro aqui. Sugiro instalar o Fiddler2 for IE ou Firebug for Firefox e examinar os cabeçalhos HTTP reais que o aplicativo da web envia. Correlacione isso com o tutorial de cache de Mark Nottingham, ao qual eu já vinculei acima - acho que os cabeçalhos permitem o cache, ou pelo menos não proíbem expressamente o cache.