Respostas:
Se é ou não uma "grande preocupação", é um ponto de opinião, mas essa ideia já teve antes e resultou em ação. A própria Microsoft propôs uma RFC para cobrir exatamente isso. RFC 4941 , Extensões de Privacidade para Configuração Automática de Endereço sem Estado no IPv6 (setembro de 2007). Como padrão, o IIRC, o Windows usa isso, a pilha IPv6 do Linux tem isso como uma opção (sua distribuição preferida já pode defini-la por padrão) e o OS X 10.6 também tem suporte. Essa é uma porção muito grande de dispositivos de usuário final.
echo 1 > /proc/sys/net/ipv6/conf/all/use_tempaddr
como raiz (para configuração de tempo de execução).
Sim, isso é uma preocupação e é a razão pela qual alguns sistemas operacionais intencionalmente não usam o padrão EUI-64, preferindo usar dados aleatórios para os últimos 64 bits de seu endereço.