Alguns servidores web que encontrei usam / home para armazenar os arquivos do site:
/home/vhosts/www.example.com/
Outros usam / var como:
/var/www/www.example.com/
O que é mais limpo e "Linuxy"? Todos nós deveríamos estar usando /usr/local/www/
?
Fontes possíveis: http://www.tuxfiles.org/linuxhelp/linuxdir.html