Você pode quase certamente ignorar /proc, /dev, /tmpe /var/tmp.
Um bom argumento pode ser feito para ignorar /var/log(e quaisquer outros diretórios de registro), /var/cachese você o tiver, e possivelmente partes de /var/db(embora você deva ter cuidado /var/db: algumas vezes, coisas realmente importantes são colocadas lá ...)
Além disso, você provavelmente deseja fazer um backup, aguarde alguns dias e faça outro para ver o que muda com o tempo. Se você vir muito "lixo" nesses backups, poderá adaptar sua lista de exclusão com mais cuidado.
Depois de selecionar o material que você deseja fazer backup e adaptar suas listas de inclusão / exclusão, faça um teste de restauração adequado - pegue uma máquina de bare metal e siga o processo necessário para que seus dados e software funcionem novamente, sem tocando na máquina original.
Se você não pode gerenciar essa restauração com o backup, você realmente não tem um backup ...