Você está sacrificando o desempenho, no entanto, na maioria dos casos, o desempenho que sacrifica é tão insignificante que os ganhos de gerenciamento e pegada compensam bem a perda. A maioria dos servidores é um jogo justo para virtualização; os grandes servidores de banco de dados são talvez uma das exceções. No entanto, você precisa se perguntar se seu servidor de banco de dados é realmente "grande", a maioria não é.
Da sua pergunta, posso supor que você esteja procurando executar um servidor da Web e seu servidor de banco de dados associado em 2 VMs no mesmo servidor físico? Ignorando a segurança por um momento, você os executaria na mesma caixa sem virtualização? Ou seja, você acha que uma única caixa é poderosa o suficiente para a carga? Nesse caso, acho que você encontrará VMs em execução na caixa também.
Uma outra coisa que você desiste é a separação física. Se você estiver executando um servidor da Web e seu servidor de banco de dados, se um cair, você estará morto de qualquer maneira, então não é grande coisa. Mas se você executasse seus servidores da Web e seu parceiro redundante em 2VMs em uma única caixa física, então você seria bobo (e eu já vi isso.) Se você perder a caixa física, perderá os dois servidores da Web, lugar ruim para se estar.