Eu estava em uma situação similar; servidor dedicado totalmente gerenciado, LAMP, CentOS. Então decidimos mudar para o EC2. Além disso, eu tinha muito pouca experiência em administração de sistemas ou linux. Eu tenho quase zero de experiência com o Ubuntu, então não posso falar com qual é o chamado SO melhor.
Tentei várias AMI pré-construídas com instalações mínimas de SO da Rightscale, Alestic, Scalr e Amazon. Acabei criando todas as minhas próprias AMIs sobre o Amazon Linux, primeiro usando a versão 2010.11.01, agora migrei todas as minhas AMIs personalizadas para o Amazon Linux versão 2011.03.01.
A decisão de ir com uma Amazon Linux AMI contra os outros provedores da AMI não foi fácil. Eu brinquei com e testei diferentes configurações por quase um mês antes de tomar minha decisão final. No final, como eu queria usar o CentOS, ele basicamente se resumia a uma coisa. Imaginei quem melhor sabia quais dependências relacionadas ao hardware precisavam ser incluídas no sistema operacional do que as pessoas que projetaram, criaram e mantêm o EC2. Nada contra Rightscale, Scalr ou Alestic.
Seis meses depois, embora eu tenha batido alguns solavancos na estrada, o Linux da Amazon tem sido bastante estável. No entanto, decidi compilar alguns dos softwares que usamos a partir da fonte (por exemplo, php 5.3, MySQL 5.5, etc) porque tive problemas com os pacotes pré-criados que a Amazon mantinha em seu repositório de pacotes.