A configuração de sites é obviamente um bom começo. No entanto, você ainda deve estar ciente de que não pode "forçar" o uso de um controlador de domínio específico usando Sites e Serviços. Isso ocorre por design. Por exemplo, se o controlador de domínio em seu site estiver inativo, o Windows deve tentar um controlador de domínio em outro site.
Se você tiver uma topologia com um local principal (como HQ ou datacenter) e sites remotos de "spoke" com controladores de domínio que só precisam executar autenticação local e outras funções de controlador de domínio, os controladores de controle remoto podem ser configurados para não anunciar determinados serviços usando o comando Configuração de registro DnsAvoidRegisterRecords.
Observe também que você pode influenciar a ordem de preferência usando a prioridade e o peso dos registros DNS SRV no subdomínio _msdcs, mas isso só deve ser feito após uma análise completa. Os clientes tentam entrar em contato com o servidor com a menor prioridade. O peso é um mecanismo de balanceamento de carga usado ao selecionar um host de destino daqueles com a mesma prioridade. Os clientes escolhem aleatoriamente registros SRV que especificam hosts de destino a serem contatados, com probabilidade proporcional ao peso.
Mais Informações:
Como otimizar o local de um controlador de domínio ou catálogo global que reside fora do site de um cliente
http://support.microsoft.com/kb/306602
Registros de recursos SRV
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc961719.aspx