Não conheço uma solução 'fácil' para o seu problema, mas existe uma solução um pouco complicada (dependendo do tipo de dispositivo raiz).
Se a sua instância tiver uma raiz do EBS, a solução é simples: pare a instância, desconecte a unidade EBS, inicie outra instância e anexe o volume EBS a ela. Edite seu arquivo fstab conforme necessário, desanexe o volume EBS e reconecte-o à instância original.
Se sua instância tiver uma raiz suportada pelo S3 (por exemplo, armazenamento de instância), a solução será um pouco mais difícil. Você pode fazer o download dos dados da sua AMI (usando o ec2-download-bundle ) e extrair esses dados em um único arquivo (usando o ec2-unbundle ). Em seguida, você pode montar a imagem, fazer as alterações necessárias e reorganizá-la (com ec2-bundle-vol , substituindo o volume padrão para agrupar com o sinalizador -v). Isso deve fornecer uma AMI nova e viável, idêntica à antiga, exceto pelas modificações que você fizer. Como alternativa, você pode copiar o conteúdo do arquivo de imagem para um volume EBS usando dd - e depois converter para uma instância suportada pela raiz do EBS.