No que diz respeito aos recursos essenciais, você precisa usar a ferramenta certa para o trabalho.
Se seu conjunto de dados for pequeno e couber em um único volume, use rsnapshot ou rdiff-backup. Ambos oferecem backup incremental, economizam muito espaço e são realmente fáceis de usar.
Para backups maiores ou mais sofisticados que possuem um componente offline, eu uso o Bacula, leva um tempo para configurar corretamente, mas é sólido e possui alguns recursos. Eu recomendo acoplá-lo com uma interface web como webacula.
Uma boa idéia, para cada servidor que eu tenho, eu uso o rdiff-backup para manter um backup incremental diário de / etc em / var / backups /, não custa nada e poupa muitas dores de cabeça se você não conseguir descobrir por que essa última alteração em um arquivo de configuração está causando tantos estragos.