Suponho que você esteja na caixa Linux e os arquivos foram criados em uma caixa Windows. O Linux usa UTF-8 como a codificação de caracteres para nomes de arquivos, enquanto o Windows usa outra coisa. Eu acho que essa é a causa do problema.
Eu usaria "convmv". Esta é uma ferramenta que pode converter nomes de arquivos de uma codificação de caracteres para outra. Para a Europa Ocidental, um destes normalmente funciona:
convmv -r -f windows-1252 -t UTF-8 .
convmv -r -f ISO-8859-1 -t UTF-8 .
convmv -r -f cp-850 -t UTF-8 .
Se você precisar instalá-lo em um Linux baseado no Debian, poderá fazê-lo executando:
sudo apt-get install convmv
Funciona sempre para mim e recupera o nome do arquivo original.
Fonte: LeaseWebLabs