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FastCGI é a minha preferência. Não tanto por causa da tecnologia, mas apenas por ser usada em muitos serviços de hospedagem compartilhada. Também é compatível com várias linguagens / estruturas de desenvolvimento diferentes, como Django e PHP, e funciona com o servidor Apache, que é altamente popular em servidores baseados em Unix.
Não é 100% disso, mas meu entendimento é:
SCGI = mais fácil de implementar
FCGI = Melhor desempenho
O FastCGI tecnicamente permite a multiplexação duplex, enquanto o SCGI não (nem mesmo a multiplexação unidirecional). O SCGI é bom para sites pequenos com pouco tráfego, onde cada solicitação é tratada totalmente uma por vez após a conclusão e, por sua vez.
O FastCGI é mais comum que o SCGI, ou seja, o protocolo FastCGI é mais um padrão do que o SCGI. A data da última revisão do protocolo FastCGI não implica nada de errado; não há problema em não atualizar um protocolo que não seja necessário.
Se eu puder, eu diria que comparar FastCGI e SCGI, é como comparar XML e um formato de serialização personalizado, como JSON ou sua variante LISP. Algumas pessoas reclamaram que o XML é muito complexo e criaram seu próprio formato, considerado mais simples, mas que se mostra mais complexo que o XML, já que as coisas aumentam um pouco de tamanho ou complexidade. Da mesma forma com FastCGI vs SCGI.
O FastCGI é tecnicamente mais resistente e robusto, e essa é provavelmente a razão pela qual ele é implantado mais amplamente que o SCGI.
Dito isto, o SCGI ainda é pelo menos melhor que o CGI (o lançamento clássico de um processo por solicitação).