As duas contas são coisas diferentes. Pense na identidade do site que representa o usuário do site. Se você criar um novo site, essa conta é a conta anônima do IIS. Se você desabilitar a "Autenticação Anônima", seus usuários terão que se autenticar no site (em um site de domínio da intranet / Windows, isso pode estar implícito usando as credenciais de rede.)
A identidade do pool de aplicativos é a conta do Windows necessária para executar seus assemblies. Normalmente, é a conta " Serviço de rede " que é a conta menos privilegiada, com direitos e permissões limitados de usuário. Ele possui credenciais de rede. Isso significa que você pode usá-lo para se autenticar nos recursos de rede em um domínio. Você também pode usá-lo para acessar um banco de dados do SQL Server com segurança integrada.
Por exemplo, se seu aplicativo ASP.NET precisar gravar em uma pasta, você deverá conceder a permissão à conta do pool de aplicativos, não à conta do site. Para obter mais informações sobre identidades de pool de aplicativos, leia aqui .
Nota: No IIS 7, há uma maneira de usar a mesma conta da identidade do Pool de Aplicativos para a conta anônima do site: