No Apache, você pode fazer o ProxyPass de tudo, exceto um ou mais subdiretórios (com "!").
ProxyPass /subdir !
ProxyPass / http://localhost:9999/
Qual é o equivalente Nginx?
Meu primeiro palpite obviamente não está funcionando:
location /subdir {
root /var/www/site/subdir;
}
location / {
proxy_pass http://localhost:9999/ ;
}