Resposta curta - Se você não conhece as razões, provavelmente não precisa mudar - apenas fique com o que usar.
O Route53 pode ser mais confiável, mais rápido, possui alguns recursos que ajudam a integrá-lo a outros serviços da AWS, mas você não precisa disso. Se você se preocupa com a diferença entre 99,9 e 99,7, ou se se preocupa com 100ms vs 150ms, talvez faça sentido começar a comparar os serviços DNS.
Aliás, o GoDaddy também oferece DNS premium, pago mensalmente. E também existem muitos provedores de DNS com preços que variam de grátis a centenas de dólares mensais.
Algumas coisas a considerar ao escolher o provedor DNS: tempo de atividade real, SLA de tempo de atividade, tempo de resposta (em todo o mundo - onde residem os visitantes e 24 horas por dia), limites - como quantidade de consultas ou número de registros ou TTL mínimo, preço, recursos como DNSSEC, IPv6, DNS dinâmico, fetais de segurança de conta, tipos de registro suportados, DNS geográfico ou balanceamento de carga / failover, API etc.etc. - basta olhar as especificações de vários provedores de DNS e você verá quais recursos podem ser diferentes.
Novamente, são todos pequenos detalhes. Quando você dirige uma manifestação ou opera o twitter.com, verifique todos os detalhes. Mas se você apenas dirige para o seu escritório e volta, não precisa saber se o seu motor é de injeção direta ou carburador.