Resposta curta: Desde o início de 2014, não há como ter o comportamento descrito no mysql. Veja o relatório de erros relevante e uma página no dba.stackexchange, onde três pessoas diferentes comentam que ele ainda não foi corrigido na v5.5 . Além disso, até onde posso constatar, depois de uma longa pesquisa no Google, não há solução que valha a pena usar (veja abaixo o porquê --sigint-ignore não é bom). A resposta de Andy foi editada para mencionar que "parece que foi adicionado em 5.0.25 (e 5.1.10)". mas ele provavelmente foi enganado pelo comentário com a data [3 de maio de 2006 às 19:04] no relatório de erros acima mencionado.
O argumento --sigint-ignore (veja a resposta de Dan Carley) impedirá o mysql de levá-lo de volta ao shell quando você pressionar ctrl-C, mas também removerá a capacidade de interromper consultas demoradas .
Este é o tipo de bugs de usabilidade que fazem você ir :-( Realmente óbvio e provavelmente extremamente fácil de corrigir, mas ainda aqui está depois de muitos anos.