Você pode tentar configurar sua VPN sem a GUI do Fortinet. Aqui está um guia completo do IPSEC para linux http://www.ipsec-howto.org/ e você pode tentar o seguinte:
O link é criado executando o pppd através de um pseudo terminal criado pelo pty-redir e conectado ao ssh. Isso é feito com algo semelhante à seguinte sequência de comandos:
/usr/sbin/pty-redir /usr/bin/ssh -t -e none -o 'Batchmode yes' -c blowfish -i /root/.ssh/identity.vpn -l joe > /tmp/vpn-device
sleep 10
/usr/sbin/pppd `cat /tmp/vpn-device`
sleep 15
/sbin/route add -net 172.16.0.0 gw vpn-internal.mycompany.com netmask 255.240.0.0
/sbin/route add -net 192.168.0.0 gw vpn-internal.mycompany.com netmask 255.255.0.0
O que isso faz é executar o ssh, redirecionando a entrada e a saída para o pppd. As opções passadas para o ssh o configuram para execução sem caracteres de escape (-e), usando o algoritmo de criptografia blowfish (-c), usando o arquivo de identidade especificado (-i), no modo terminal (-t), com o modo de lote das opções sim o). Os comandos de suspensão são usados para espaçar as execuções dos comandos para que cada um possa concluir sua inicialização antes da execução da próxima.
Em " Trazer o link "
A próxima seção, " Script " também pode ajudá-lo a configurar e executar seu cliente VPN. Há informações adicionais na documentação do ubuntu .