FWIW: A resposta depende inteiramente de suas necessidades, agora e no futuro.
Sim, eu sei que é uma resposta inútil. Infelizmente é verdade. Sua escolha de virtualização afetará praticamente tudo o que você fará depois, portanto, faça algumas perguntas a si mesmo.
(1) A diferença entre 97% do desempenho nativo e 96% do desempenho nativo (números retirados do ar) é realmente importante para você?
(1a) Se um se sair melhor com o acesso HD (o que realmente significa que você está usando um excelente banco de dados ou não pode pagar a RAM extra), e o outro se sair melhor com a rede, o que é mais importante para você ?
(2) Você está confiante ao usar as ferramentas fornecidas com qualquer uma das soluções?
(3) O fato de um ser (mais ou menos) nativo dos kernels recentes do Linux e o outro não fazer diferença?
(3a) Você agora, ou já esteve ... er ... será necessário executar um sistema operacional diferente sob virtualização? Não precisa ser o Windows. Pode ser o FreeBSD, ou mesmo o Haiku, ou qualquer outra coisa. (O Xen provavelmente vence aqui, mas sugiro que verifique.)
Olhando para o cenário geral, vejo o KVM como a resposta do Linux para as zonas Solaris. (Prefiro ter zonas Solaris, mas vejo o paralelo.) Vejo o Xen como uma tecnologia madura de hipervisor com suporte para vários sistemas operacionais, mas se você não precisar de vários sistemas operacionais, isso não importa muito.
Para ser absolutamente honesto, você não pode dar muito errado de qualquer maneira (dadas as advertências acima). Eu prefiro o Xen, porque fui para Cambridge; mas, se eu trabalhasse para RH, provavelmente preferiria o KVM.