Eles não são backups de alterações no registro; na verdade, são o que são alterações no registro antes de se tornarem alterações no registro. Um tipo de .tmparquivo para alterações no registro, em essência.
Como uma proteção contra a corrupção do registro, que costumava ser um problema bastante comum e muito desagradável no Windows, o que as versões mais recentes do Windows fazem quando é solicitada uma alteração no registro é gravar a alteração solicitada em um arquivo antes de fazer qualquer coisa. (Para alterações na seção do usuário, esses arquivos têm a forma de NTUSER.DAT{GUID}.TMContainer####################.regtrans-mse são numerados sequencialmente - volte o suficiente e você deverá ver um 00000000000000000001arquivo.) Depois que o Windows determinar que é "seguro" gravar a alteração no registro, ele será faz isso e, depois disso, verificará se a alteração foi feita e, nesse momento, excluirá o arquivo e passará para outras tarefas do SO. Quando algo nesse processo falha, você acaba acumulando esses arquivos.
E claramente, no seu caso, algo em algum lugar desse processo não está funcionando corretamente. Eu apostaria um centavo bastante que, se você olhar através do servidor, Event Logsverá uma tonelada de erros sobre isso, na forma de eventos sobre o bloqueio do registro ou na impossibilidade de gravar alterações no registro. (Provavelmente ao longo das linhas de Unable to open registry for writingou Failed to update system registry). Isso pode indicar indícios de problemas sérios ou indicar que alguns programas da PITA desejam gravar uma alteração no registro sempre que for iniciado e não tiver permissão.
Há também a possibilidade menos provável que as mudanças estão sendo escritos, mas os arquivos não podem ser excluídos, como aconteceria se a alavanca de bloqueio nos arquivos não está sendo encerrado corretamente, ou se SYSTEMtem permissão de escrita, mas não tem permissões de exclusão para esses locais de pasta.
Pode ajudar a rastrear a fonte para fazer uma soma md5 rápida (ou similar) desses arquivos para ver se são todos ou quase idênticos (o que indicaria a mesma alteração que falhou ao gravar repetidamente no registro), ou se houver muita variação, o que provavelmente indicará um problema sério - que o registro não pode ser gravado por muitos processos ou que os perfis de usuário em questão estão corrompidos.
Depois de analisá-los, qualquer um desses arquivos .blfou .regtrans-mscriados antes da última inicialização do sistema pode ser excluído com segurança. Não há como eles (ou devam) ser gravados no registro, portanto eles são lixo.
Quanto ao quê, precisamente as está criando, é algo que você terá que rastrear a si mesmo, porque pode ser quase qualquer coisa. É possível que algo no código da Web esteja tentando gravar uma alteração no registro toda vez que o site for acessado, mas falhe por falta de permissões (eu certamente vi coisas mais burras), é possível que elas sejam geradas por logons de usuários e subseqüentes atividade que tenta gravar no registro e sem permissões e, como afirmado anteriormente, é possível que eles estejam sendo criados e executados normalmente, mas não podem ser excluídos conforme pretendido por algum motivo.
Verifique todos os seus logs, particularmente os logs do seu Event Logse do IIS, para ver se há erros relacionados ao registro para reduzi-lo e descobrir o que está causando isso.