Vi grandes redes de mais de mil servidores Linux sem autenticação ou gerenciamento centralizado de usuários. Cada servidor tinha apenas contas locais, todas elas sendo mantidas individualmente.
Isso me faz estremecer. Algo como o Puppet provavelmente pode ajudar nesse departamento de sincronização de contas entre sistemas, mas não ajuda a associar os hosts a um domínio do AD.
Não acredito que sua pergunta seja sobre um equivalente do Active Directory para Linux, como o FreeIPA. Acho que sua pergunta é sobre a integração de hosts Linux em um Microsoft Active Directory existente, de modo que suas máquinas Windows e Linux estejam todas lá no mesmo diretório.
Você já sabe, como disse, que os hosts Linux podem ser "cobbled lá". Eu concordo com essa metáfora, pois é um processo confuso na minha opinião.
Além disso, também existem soluções profissionais, como o PowerBroker (anteriormente chamado de Likewise), que pode ser instalado nos hosts Linux e torna a junção deles a um domínio do AD muito mais confiável. Ele ainda incorpora alguns recursos de diretiva de grupo.
Eu acho que você provavelmente verá algo assim em uma grande empresa que deseja associar suas máquinas Linux a um domínio do Windows.