OOM apesar da memória disponível (cache)

Temos encontrado o OOM killer, apesar de quase metade da nossa memória estar sendo usada para o cache do FS. Registramos estatísticas de memória uma vez por minuto (conforme relatado na parte superior), mas parece haver muita disponibilidade.

...

Mem:  15339640k total, 15268304k used,    71336k free,     3152k buffers
Swap:        0k total,        0k used,        0k free,  6608384k cached

Mem:  15339640k total, 14855280k used,   484360k free,    13748k buffers
Swap:        0k total,        0k used,        0k free,  6481852k cached

[OOM killer: postgres killed]

Mem:  15339640k total,  8212200k used,  7127440k free,    32776k buffers
Swap:        0k total,        0k used,        0k free,  2394444k cached

...

Detalhes do OOM do syslog:

...
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840462] wal-e invoked oom-killer: gfp_mask=0x201da, order=0, oom_adj=0, oom_score_adj=0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840469] wal-e cpuset=/ mems_allowed=0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840474] Pid: 7963, comm: wal-e Not tainted 3.2.0-43-virtual #68-Ubuntu
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840477] Call Trace:
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840498]  [<ffffffff81119711>] dump_header+0x91/0xe0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840502]  [<ffffffff81119a95>] oom_kill_process+0x85/0xb0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840506]  [<ffffffff81119e3a>] out_of_memory+0xfa/0x220
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840511]  [<ffffffff8111f823>] __alloc_pages_nodemask+0x8c3/0x8e0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840520]  [<ffffffff81216e00>] ? noalloc_get_block_write+0x30/0x30
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840528]  [<ffffffff811566c6>] alloc_pages_current+0xb6/0x120
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840534]  [<ffffffff81116637>] __page_cache_alloc+0xb7/0xd0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840539]  [<ffffffff81118602>] filemap_fault+0x212/0x3c0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840553]  [<ffffffff81138c32>] __do_fault+0x72/0x550
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840557]  [<ffffffff8113c2ea>] handle_pte_fault+0xfa/0x200
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840562]  [<ffffffff8100638e>] ? xen_pmd_val+0xe/0x10
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840567]  [<ffffffff81005309>] ? __raw_callee_save_xen_pmd_val+0x11/0x1e
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840571]  [<ffffffff8113d559>] handle_mm_fault+0x269/0x370
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840576]  [<ffffffff8100a56d>] ? xen_force_evtchn_callback+0xd/0x10
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840581]  [<ffffffff8100ad42>] ? check_events+0x12/0x20
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840589]  [<ffffffff8165b3cb>] do_page_fault+0x14b/0x520
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840594]  [<ffffffff81160d64>] ? kmem_cache_free+0x104/0x110
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840600]  [<ffffffff811ba2c8>] ? ep_remove+0xa8/0xc0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840604]  [<ffffffff811bb133>] ? sys_epoll_ctl+0xb3/0x3d0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840614]  [<ffffffff81658035>] page_fault+0x25/0x30
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840617] Mem-Info:
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840618] Node 0 DMA per-cpu:
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840622] CPU    0: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840624] CPU    1: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840627] CPU    2: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840629] CPU    3: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840631] Node 0 DMA32 per-cpu:
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840634] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd:  30
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840637] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd:  47
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840639] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:  15
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840641] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd:   2
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840643] Node 0 Normal per-cpu:
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840646] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840648] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd:  14
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840650] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:   0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840653] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd:   1
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840658] active_anon:3616567 inactive_anon:4798 isolated_anon:0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840660]  active_file:98 inactive_file:168 isolated_file:20
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840661]  unevictable:1597 dirty:73 writeback:0 unstable:0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840662]  free:16921 slab_reclaimable:17631 slab_unreclaimable:7534
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840663]  mapped:1614529 shmem:1613928 pagetables:124012 bounce:0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840666] Node 0 DMA free:7888kB min:4kB low:4kB high:4kB active_anon:0kB inactive_anon:0kB active_file:0kB inactive_file:0kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:7632kB mlocked:0kB dirty:0kB writeback:0kB mapped:0kB shmem:0kB slab_reclaimable:0kB slab_unreclaimable:0kB kernel_stack:0kB pagetables:0kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? yes
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840681] lowmem_reserve[]: 0 4016 15112 15112
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840686] Node 0 DMA32 free:48368kB min:4176kB low:5220kB high:6264kB active_anon:3776804kB inactive_anon:28kB active_file:0kB inactive_file:20kB unevictable:932kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:4112640kB mlocked:932kB dirty:0kB writeback:0kB mapped:1458536kB shmem:1458632kB slab_reclaimable:17604kB slab_unreclaimable:8088kB kernel_stack:1872kB pagetables:190616kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:437 all_unreclaimable? yes
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840698] lowmem_reserve[]: 0 0 11095 11095
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840703] Node 0 Normal free:11428kB min:11548kB low:14432kB high:17320kB active_anon:10689464kB inactive_anon:19164kB active_file:528kB inactive_file:652kB unevictable:5456kB isolated(anon):0kB isolated(file):80kB present:11362176kB mlocked:5456kB dirty:292kB writeback:0kB mapped:4999580kB shmem:4997080kB slab_reclaimable:52920kB slab_unreclaimable:22048kB kernel_stack:2584kB pagetables:305432kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:1974 all_unreclaimable? yes
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840715] lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840720] Node 0 DMA: 2*4kB 3*8kB 1*16kB 3*32kB 3*64kB 3*128kB 2*256kB 1*512kB 2*1024kB 2*2048kB 0*4096kB = 7888kB
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840752] Node 0 DMA32: 5813*4kB 2636*8kB 114*16kB 15*32kB 5*64kB 1*128kB 1*256kB 0*512kB 1*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 48372kB
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840776] Node 0 Normal: 1888*4kB 10*8kB 46*16kB 4*32kB 3*64kB 2*128kB 1*256kB 1*512kB 0*1024kB 1*2048kB 0*4096kB = 11760kB
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840788] 1615243 total pagecache pages
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840790] 0 pages in swap cache
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840801] Swap cache stats: add 0, delete 0, find 0/0
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840803] Free swap  = 0kB
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840805] Total swap = 0kB
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909794] 3934192 pages RAM
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909804] 99282 pages reserved
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909809] 18899146 pages shared
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909811] 2198511 pages non-shared
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909817] [ pid ]   uid  tgid total_vm      rss cpu oom_adj oom_score_adj name
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909835] [  332]     0   332     4308      109   1       0             0 upstart-udev-br
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909845] [  346]     0   346     5384      271   2     -17         -1000 udevd
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.909851] [  408]     0   408     5364      174   2     -17         -1000 udevd
...
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.910703] [ 7963]   111  7963    17456     2966   0       0             0 wal-e
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.910707] [ 7968]   111  7968  1639372     2351   3       0             0 postgres
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.910711] [ 7969]   111  7969  1639371     1934   2       0             0 postgres
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.910716] Out of memory: Kill process 12443 (postgres) score 418 or sacrifice child
Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.910733] Killed process 12443 (postgres) total-vm:6555152kB, anon-rss:4600kB, file-rss:6396572kB
Jun 10 05:45:30 db kernel: [11209159.293083] postgres invoked oom-killer: gfp_mask=0x201da, order=0, oom_adj=0, oom_score_adj=0
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293091] postgres cpuset=/ mems_allowed=0
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293095] Pid: 6508, comm: postgres Not tainted 3.2.0-43-virtual #68-Ubuntu
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293098] Call Trace:
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293111]  [<ffffffff81119711>] dump_header+0x91/0xe0
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293115]  [<ffffffff81119a95>] oom_kill_process+0x85/0xb0
Jun 10 05:45:31 db kernel: [11209159.293119]  [<ffffffff81119e3a>] out_of_memory+0xfa/0x220
...

Podemos tentar aumentar a resolução destes para aproximadamente uma vez por segundo, mas haveria alguma razão para uma OOM aqui? (Vimos http://bl0rg.krunch.be/oom-frag.html, mas estamos trabalhando com quantidades absolutas de memória muito maiores, a maioria das quais é obtida pelo cache FS do kernel.)

Também incluindo partes relevantes da nossa postgresql.confabaixo:

shared_buffers = 6GB
effective_cache_size = 8GB

postgresql oom

— Yang
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Discussão em bate-papo relacionado

— Yang

Hum ... 3.2.0-43? Tempo de atualização. O assassino da OOM passou por muitas (demais) alterações ao longo do tempo. Algumas versões foram realmente muito mortíferas quanto à contabilização do uso de memória compartilhada ... como o PostgreSQL 9.2 e mais antigo shared_buffers.

— Craig Ringer

@CraigRinger Infelizmente, existem outras considerações, incluindo manter o kernel na distribuição Ubuntu 12.04 para LTS, compatibilidade, atualizações de segurança, etc. Estamos interessados apenas se alguém souber explicar o que está acontecendo aqui - se ajudar, finja que estamos não está interessado em mudar o status quo / resolver o problema. BTW shared_buffersainda está na PG9.3.

— Yang

Sim shared_buffersainda está na 9.3, mas não é mais a memória compartilhada POSIX na 9.3. Foi substituído por uma mmap()edregião anônima . Isso contorna alguns problemas nojentos de configuração do kernel e problemas de fixação, embora eu duvide que isso torne o assassino do OOM menos confuso.

— Craig Ringer

Possivelmente uma duplicata de serverfault.com/questions/288319/… , que tem uma resposta em potencial.

— richvdh

Respostas:

Parece que você (e eu, em um caso com sintomas muito semelhantes) realmente ficou sem memória e ficou confuso com o cachednúmero.

Aparentemente, existem casos em que o Linux não libera o cache de disco grande quando a demanda de memória aumenta

Em particular (eu realmente não entendo o porquê), o postgres ' shared_bufferspode ser relatado em "Em cache" (o cache da página). No seu caso, o 6481852k cachedin topcorresponde a esta linha no log do OOM-killer:

Jun 10 05:45:25 db kernel: [11209156.840788] 1615243 total pagecache pages

(1615243 * 4KB ~ = 6481852k) - o que significa que o cache da página não foi descartado antes de chamar o OOM-killer.

No entanto, existem poucas páginas com suporte a arquivos (presumo que active_file:98 inactive_file:168seja semelhante ao Ativo (arquivo) / Inativo (arquivo) ) do / proc / meminfo ), portanto não são as páginas descartáveis que conhecemos e amamos.

A postagem em https://www.depesz.com/2012/06/09/how-much-ram-is-postgresql-using/ demonstra uma sessão de exemplo em que o encerramento do postgres leva à redução de "cache" pelo tamanho de shared_buffers(role para "E a maioria saiu do cache do disco - como esperado, porque foi usado para compartilhados." ) - infelizmente não indica a versão do postgres nem o kernel que foi usado para o experimento.

Estou usando 3.13.0-67 x86_64 com PG 9.3. Na 9.3, eles deixaram de usar a memória compartilhada do Sys V ( shmget) para anônimammap(...R+W, MAP_SHARED|MAP_ANONYMOUS|MAP_HASSEMAPHORE...)+fork() (na 9.4 isso se tornou configurável via dynamic_shared_memory_type ). Mas não consegui encontrar explicações sobre por que esses mmap () devem aparecer em "cache" e por que, apenas https://access.redhat.com/solutions/406773 que diz "Cache: Memória no pagecache (Diskcache e memória compartilhada) "

Dado que há muitos tipos de memória compartilhada, eu estou iluminado e confuso ...

— Nickolay
fonte

Depois de vários anos, essa é uma resposta muito melhor, obrigado. Ainda há a questão de por que isso é contabilizado em cache, mas estou marcando isso como aceito por enquanto.

— Yang

Pelo amor de tudo de bom no mundo, configure o espaço de troca em seus servidores .
Você realmente precisa de espaço de troca . Eu não sou o único que diz isso , é praticamente uma verdade universal por aqui . (<- Esses são três links)
É claro que você deve ter RAM suficiente para que o servidor do banco de dados não troque regularmente - se a solução não for dinheiro (o que você leva seu fornecedor e usa para adquirir mais RAM) .
Como agora você tem RAM adequada e troca para usar se algo der errado, você pode desativar o killer do OOM (desativando a confirmação de memória excessiva), como as pessoas do Postgres recomendam .
(Você também pode aplicar a solução alternativa e dizer ao OOM-Killer para nunca matar o Postgres - mas você está jogando Roleta Russa com o restante dos processos do seu sistema ...)
(opcional) Escreva uma resposta no Server Fault detalhando por que o comportamento padrão na maioria das distribuições Linux é Ruim, Errado e viola a especificação POSIX de como o malloc () deve se comportar . Repita até que todo mundo esteja cansado de ouvir sobre isso.

Observe também que a memória em cache do kernel está disponível para o postgres (ou qualquer outro aplicativo) a ser usada - você deve considerá-la como memória livre / disponível em seus cálculos.

Se eu precisasse adivinhar o que está acontecendo aqui, diria que você tem uma consulta complexa, o Postgres está solicitando a RAM para executá-la e, em vez de dizer "Não tenho essa RAM", o Linux diz ao Postgres: "Claro, você pode ter. "
Então, quando Postgres realmente tenta usar a memória RAM era (supostamente) dada Linux percebe que não TEM o RAM que prometeu Postgres (porque está sobrecarregada) - o assassino OOM é dito para liberar a memória RAM, e obedientemente mata o programa usando mais memória - seu servidor de banco de dados.

O Postgres é um programa bem projetado. Se for dito que não pode ter a RAM que está solicitando, ele lidará com isso normalmente (ou se contentando com menos ou abortando com uma mensagem para o usuário).

— voretaq7
fonte

Obrigado pela elaboração do swap, mas isso não responde à minha pergunta de por que isso está acontecendo em primeiro lugar . Sim, eu entendo a premissa básica de que o Linux é supercomprometido por padrão e que o OOM é quando estamos sem memória RAM - eu poderia ter dito isso na minha pergunta original. Mas a pergunta é por que está entrando quando eu ainda tenho bastante RAM (grande parte dela apenas no cache do FS)? Suponha que eu nem esteja interessado em mudar nada - que o assassino do OOM está bem, desde que eu entenda por que está sendo acionado.

— Yang

Depois de revisar os links, infelizmente existem várias afirmações sem evidências de apoio ou explicações técnicas concretas. Certamente, há muitos ambientes Linux nos quais o swap nem sequer é uma opção (exemplo: não procure mais do que um Live CD onde ainda não existe uma partição local de swap para reutilização). Além disso, não estamos interessados em permitir a troca com base em nossas próprias experiências e ambiente - preferimos ter o OOM. Uma resposta à pergunta original seria apreciada.

— Yang

@ Yang Presumo que, se você estiver construindo um servidor para o Postgres, siga as recomendações do projeto Postgres. Minha resposta é fazer o que eles dizem (desligue o assassino do OOM). Se você gostaria de esperar e ver se alguém lhe oferece uma resposta diferente, você certamente está livre para fazê-lo, mas não me sinto confortável em oferecer outra solução - Na minha opinião, o assassino do OOM é Ruim, Errado e viola o POSIX. Pode ser aceitável em uma área de trabalho / pior, mas desabilitá-la em servidores é: IMO, a coisa certa a fazer.

— voretaq7

Eu deparei com essa situação em um servidor que possui swap e, após saturar a memória disponível + swap, o killer OOM foi usado em vez do kernel recuperar a memória "em cache", que obviamente estava de alguma forma bloqueada. Eu nunca resolvi o problema, mas a pergunta original de @ Yang não é respondida aqui.

— Patrick

Swap não é a resposta, apenas faz com que o problema apareça mais tarde. Você precisa trocar quando a RAM está cheia e precisa do OOM Killer quando a RAM + troca fica cheia. Se a quantidade de troca for zero, você precisará do OOM Killer mais cedo, mas não poderá evitar o OOM Killer com troca.

— Mikko Rantalainen 10/10