Claro que não vai quebrar AD. O AD é muito escalável e, embora haja maneiras de corrompê-lo, simplesmente armazenar grandes quantidades de dados nele não afetará isso. Muitas organizações armazenam fotos juntamente com outros itens de dados grandes, como chaves de criptografia no AD.
O que acontecerá é que o tráfego de replicação aumentará significativamente (muito ao adicionar as fotos inicialmente e um pouco ao adicionar a foto de cada usuário à medida que novas pessoas forem contratadas), porque todas as novas fotos adicionadas ao AD terão que ser replicadas. Além disso, o tamanho do seu banco de dados do AD aumentará. É improvável que isso seja significativo para qualquer servidor razoavelmente provisionado para uma organização de 3000. O tamanho máximo da foto armazenada é de 1 MB e, como se trata de uma miniatura, o tamanho real deve ser significativamente menor que isso. Na sua organização, isso representa (bem) menos de 3 GB de dados.
Dito isso, se você executar seus controladores de domínio em quantidades mínimas de disco, verifique se haverá espaço suficiente para os dados (mas se o disco tiver sido provisionado com pouca carga, você também terá problemas para fazer atualizações do Windows).