Eu nunca ouvi falar de nada que "redefinir" as permissões de tudo para um painel em branco, a menos que a "restauração do backup" conte.
Mesmo se tivesse, precisaria de uma maneira de saber quem é o proprietário de quais arquivos, além de permissões de registro e outras informações de identificação. As chances são de que ele estragaria tudo e você teria um sistema que agiria de forma estranha em momentos aleatórios, a menos que o programa em questão tivesse um instantâneo de qual era o estado da máquina quando foi instalada pela primeira vez ... nesse caso, é o mesmo como um backup. Você teria permissões e IDs (IDs de segurança) potencialmente alterados apenas adicionando usuários e instalando o sistema operacional em primeiro lugar na máquina, porque o Windows tinha certas coisas na ACL específicas da instalação.
Sua melhor aposta é fazer backup dos dados do usuário, limpar o disco e reinstalar antes de copiar os dados do usuário de volta para as pastas apropriadas e, em seguida, criar uma imagem de backup do sistema.
Essa é uma das situações em que o RAID não ajudaria, mas um bom backup pode (existem vários administradores iniciantes que parecem pensar que o RAID é um backup; nessa situação, não teria ajudado!)
icals
comando:/C
(Continuar com erros no arquivo) e/Q
(suprimir mensagens de sucesso). As mensagens de erro ainda seriam exibidas.