de: esta publicação nos fóruns da technet: http://social.technet.microsoft.com/Forums/en-US/winserverMigration/thread/98a97aee-c62b-4683-94ab-3777899cf7de/
Aqui está o que fazer ...
No momento desta publicação, não havia Ferramentas do Windows Server 2008 Resource Kit, portanto, obtenha o "srvany.exe" das "Ferramentas do Windows Server 2003 Resource Kit" e copie-o para um local adequado no servidor Win2008 (por exemplo, C: \ Windows \ System32 \). Use "sc" para criar um novo serviço que inicie "srvany" (por exemplo, sc crie MyService binPath = C: \ Windows \ System32 \ srvany.exe DisplayName = "Meu serviço personalizado") Usando RegEdit: crie uma chave "Parâmetros" para o seu serviço (por exemplo, HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Services \ MyService \ Paramaters \) Usando RegEdit: na recém-criada chave "Parameters", crie um valor de string chamado "Application" e digite o caminho completo para o aplicativo que você deseja executar como um serviço. (Não são necessárias cotações.)
E isso deveria bastar.
Nota: alguns aplicativos armazenam suas configurações em uma seção do usuário, não em HKEY_LOCAL_MACHINE, portanto, você precisará executar o aplicativo para configurá-lo e, em seguida, configurar o serviço para executar como esse usuário.