O instalador do Windows pode gerar várias instâncias do msiexec.exe por vários motivos.
Antes de tudo, o Windows Installer apresenta uma sequência de interface do usuário (que pode ser ignorada executando a instalação silenciosamente) e uma sequência de instalação . As duas tabelas para essas seqüências são chamadas InstallUISequence e InstallExecuteSequence, respectivamente. Devido à maneira como o Windows Installer permite " direitos elevados " durante a instalação, o InstallExecuteSequence será executado como a conta do sistema. Em outras palavras, se você iniciar a instalação no modo GUI e iniciar a instalação dessa maneira, normalmente verá dois processos msiexec.exe.
Além disso, os arquivos MSI podem iniciar ações personalizadas - algumas das quais podem gerar novos processos (arquivos EXE). Essas ações podem acionar outros processos msiexec.exe para aparecer no gerenciador de tarefas.
Aaron Stebner tem uma explicação melhor aqui: http://blogs.msdn.com/astebner/archive/2005/03/02/384088.aspx
Mais um link: https://www.symantec.com/connect/blogs/multiple-msiexec-processes-running-during-installation