R2 é uma coisa de licenciamento. Não tem nada a ver com alterações no kernel ou service packs ou outras coisas semelhantes.
Lembra de 2003? E então 2003 R2? 2003 R2 NÃO teve nenhuma alteração no kernel. O 2003 R2 era basicamente um monte de complementos, alguns dos quais estavam disponíveis gratuitamente na Microsoft, outros não. Ele introduziu algumas novas tecnologias / avançou algumas existentes e aumentou o esquema de uma versão, mas o KERNEL era o mesmo.
O Server 2008 R2 é radicalmente diferente do Server 2008. Existem MUITAS alterações no kernel, especialmente na área de gerenciamento de energia (estacionamento principal para um) e na capacidade de lidar (com a versão apropriada) 256 núcleos do processador.
O R2 fornece uma maneira de dizer "Suas CALs ainda são boas". Com o R2, você compra as mesmas CALs (as CALs não precisam ser atualizadas) que você fez com a versão original.
(Para sua informação, vi uma apresentação no 2003 Server por um representante da Microsoft que desafiou o pensamento de que o Windows 7 era o Vista R2 e, ao acertar nele a lógica baseada nas semelhanças do kernel, ele explicou por que o R2 existe).