Para abordar questões específicas:
Um formato de armazenamento é mais escalável que o outro?
O mbox tende a se tornar difícil de gerenciar, quanto maior for. Como ele armazena tudo em um grande blob, pode ser difícil fazer backup incremental e esse acesso bloqueará a mbox contra gravações enquanto isso ocorrer. Se houver alguma corrupção, é muito mais difícil tentar reparar ou recuperar - o que você poderia dizer que é um risco que aumenta à medida que armazena mais mensagens.
O Maildir depende do sistema de arquivos subjacente para sua escalabilidade, pois cria caracteristicamente muitos arquivos pequenos, um por mensagem. Se você tem muitos e-mails, o Maildir geralmente é mais fácil e rápido de lidar.
Existem preocupações / diferenças de integridade de dados?
Sim, o principal é que o mbox requer bloqueio de leitura / gravação em todo o arquivo, o que significa que as leituras devem aguardar gravações e cada gravação individual deve aguardar todos os outros acessos. Se ele foi usado de forma que o bloqueio não seja possível, como em um compartilhamento NFS, o arquivo está sujeito a corrupção. Qualquer corrupção aleatória pode afetar todo o arquivo, em vez de uma única mensagem.
Com o Maildir, o bloqueio pode estar no nível da mensagem individual, para a maioria das operações, e a corrupção em qualquer arquivo afeta apenas essa mensagem. Quaisquer índices nas mensagens podem ser reconstruídos, se necessário, a partir das próprias mensagens.
Existem situações claramente definidas em que você deve usar um formato sobre o outro?
É mais o caso do Maildir começar a substituir o mbox como o formato universalmente preferido, sem inconvenientes significativos.
Sua principal limitação é a criação de muitos, muitos arquivos pequenos, que foram capazes de sobrecarregar alguns sistemas de arquivos e / ou serem ineficientes dependendo do tamanho do cluster do sistema de arquivos. Esse é um problema menor nos sistemas de arquivos modernos. Ele também pode informar sua estratégia de backup, mas, em geral, oferece mais flexibilidade à sua escolha de estratégia de backup.