Depende da sua carga de trabalho.
O IIS + .NET no x64 é excelente e pode suportar cargas de trabalho muito grandes. Se você carregar o teste, verá que os servidores x64 com CPU e RAM suficientes superam o x86 em uma medida saudável.
Se sua carga de trabalho for pequena e / ou você quiser balancear vários servidores, é possível que você ache que o x86 está bom. (Eu acredito muito no uso das menores instâncias possíveis para a carga de trabalho - grande parte da TI está jogando metal no problema e é um desperdício. O x86 é bonito. Infelizmente, está ficando mais difícil obter instâncias do x86.)
No nosso caso, balanceamos vários servidores x64. No entanto, durante as operações de implantação, toda ou a maior parte da carga pode ser direcionada para um único servidor. No nosso caso, se esse servidor fosse x86, seria estressado e muito lento. Como é x64, ele pode lidar com a carga e os usuários não percebem.