Alguém tem alguma prática recomendada para organizar uma estrutura de pastas?
Não.
Acredite, você não deseja possuir a hierarquia de pastas de nenhum departamento (exceto talvez o seu). Você não sabe quais são as necessidades deles, não tem o conhecimento ou a experiência de outros departamentos para fazer boas escolhas e não quer ser o zelador de arquivos da empresa.
E se você acha que eles fazem uma bagunça, isso não é nada comparado à bagunça que você fará das coisas. Eu sei que você diz que foi incumbido de fazer isso, mas a melhor coisa que você pode fazer por si mesmo é se livrar dela rapidamente. Este é um exemplo de configuração para falhar - não importa como você o faça, alguém terá um problema com isso e reclamará por causa disso.
A melhor prática é literalmente "[chefe do departamento], aqui está o seu compartilhamento de departamento. Você é responsável pela estrutura e permissão abaixo deste nível. Configure-o da maneira que melhor se adequar às suas necessidades".