Opção 1:
Você não definiu o limite de software mais alto também.
Solução possível:
em /etc/security/limits.conf add
* soft nofile 2048
teste com
ulimit -n 2048
Opção dois:
Você está logado como usuário e em algum arquivo "config" (perfil, bashrc, algo assim) o limite flexível é definido como um valor mais baixo.
Possível solução fe grep para ulimit na sua pasta etc e / ou na sua pasta pessoal.
Aviso: Dependendo da quantidade de arquivos / diretórios que você possui, convém considerar apenas diretórios / arquivos específicos
ps: há muitas perguntas semelhantes aqui que você pode querer ler.
Limite especialmente difícil vs suave
Leia aqui para uma possível outra solução que entra em mais detalhes
Muitos arquivos abertos