Isso acabou sendo uma pergunta muito interessante. Existem muitos links por aí sobre esse tópico, mas eles são ambíguos ao descrever a diferença / relação entre os dois. A melhor descrição que encontrei da configuração do disco rígido para um sistema operacional Windows é esta: http://www.ntfs.com/hard-disk-basics.htm .
Parece que o MBR e a tabela de partição estão no mesmo setor em uma unidade. O MBR é "menor", pois é a primeira coisa na unidade, que usa a tabela de partição para continuar o processo de inicialização em um sistema operacional específico. As duas opções de comando efetivamente corrigem links diferentes na cadeia de inicialização:
/ fixmbr substitui as informações e o pequeno executável que lê a tabela de partições para descobrir onde o sistema operacional pode estar localizado. Portanto, isso existe em qualquer unidade que tenha sido formatada e existe efetivamente para ler o próximo item no disco rígido que indica onde o sistema operacional / an deve estar localizado. Em essência, esse não é necessariamente um item específico do Windows.
/ fixboot substitui a próxima parte - a entrada na tabela de partições que aponta para onde o executável carregável real está localizado para o sistema operacional. Portanto, isso está corrigindo o próximo link na cadeia do processo de inicialização. Este comando cria um resultado específico para o Windows, pois lembra o disco rígido onde encontrar o Windows em particular.